ศาสตราจารย์ ดร.ปริญญา จินดาประเสริฐ ได้เริ่มเข้ารับราชการเป็นอาจารย์ประจำภาควิชาวิศวกรรมโยธา คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น นับตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2523 โดยได้เริ่มตำแหน่งบริหารมหาวิทยาลัยขอนแก่น จากตำแหน่งรองคณบดีฝ่ายวิชาการ คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น (พ.ศ. 2526-2528) ต่อมา ได้รับเลือกให้เป็น คณบดีคณะวิศวกรรมศาสตร์ (พ.ศ. 2528-2535) 2 วาระ หลังจากนั้น ได้ดำรงตำแหน่ง รองอธิการบดีฝ่ายวางแผน (พ.ศ. 2535-2538) ก่อนที่จะดำรงตำแหน่ง อธิการบดี มหาวิทยาลัยขอนแก่น ติดต่อกันถึง 2 วาระ ในระหว่าง พ.ศ. 2535-2542 โดยในระหว่างนี้ ในปี พ.ศ. 2539 ได้ดำรงรองประธานที่ประชุมอธิการบดีแห่งประเทศไทย (ทปอ.) พร้อมทั้งได้รับเลือกให้เป็น สมาชิกวุฒิสภา  ในระหว่าง ปี พ.ศ. 2539-2543[13] ซึ่งในขณะนั้นยังได้ดำรงตำแหน่งสำคัญอื่น ๆ ได้แก่ คณะกรรมาธิการการวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและพลังงาน วุฒิสภา (พ.ศ. 2539-2543) เลขานุการคณะกรรมาธิการการวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและพลังงาน วุฒิสภา (พ.ศ. 2539-2543) ที่ปรึกษาคณะกรรมาธิการการวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี สภาผู้แทนราษฎร และ กรรมการสรรหา ปปช. กกต. คตง. ผู้ตรวจการแผ่นดินของรัฐสภา พ.ศ. 2541 นอกจากนี้ ศาสตราจารย์ ดร.ปริญญา จินดาประเสริฐ ได้ดำรงตำแหน่งสำคัญอื่น ได้แก่ ประธานเครือข่ายจีโอโพลิเมอร์ไทย (พ.ศ 2548 -ปัจจุบัน) กรรมการตำแหน่งทางวิชาการมหาวิทยาลัยราชภัฎสุรินทร์ (พ.ศ. 2550-2555) กรรมการสภามหาวิทยาลัยพะเยา (พ.ศ. 2553 -2557)[14] และ ประธานคลัสเตอร์วิจัยวัสดุหน้าที่พิเศษขั้นสูง มหาวิทยาลัยขอนแก่น (พ.ศ. 2554-2559)[15]